Konon Desa Baturetno adalah merupakan salah satu daerah yang disebut sebagai “Daerah Sembuyun” yang artinya suatu wilayah daerah yang menjadi kekuasaan Kanjeng Gusti Pangeran Adipati Arya ( KGPAA ) Mangkunegara I yaitu Raden Mas Said juga disebut Pangeran Sambernyawa.
Artinya bahwa daerah sembuyun tersebut mempunyai karakter sebagai “Kutuk Kalung Kendho” yang berarti bersifat penurut, mudah diperintah pimpinan atau mempunyai sifat paternalistic, disamping daerah sembuyun ada lagi daerah lain, seperti “Daerah Nglaroh” ( Wilayah Kecamatan Selogiri ) ,”Daerah Keduwang” (Wilayah Wonogiri Timur), “Daerah Wiroko” (Wilayah Sepanjang Kali Wiroko Kecamatan Tirtomoyo) dan “Daerah Sembuyan “(Wilayah Kecamatan Wuryantoro dan Kecamatan Baturetno kearah Selatan).
Penetapan Daerah tersebut merupakan hasil perundingan yang dilaksanakan di daerah Salatiga pada 17 Maret 1757 yang melibatkan Sunan Paku Buwono III, Sultan Hamengkubuwono I, Raden Mas Said dan pihak kolonial Belanda.
Meski Desa Baturetno telah menjadi daerah kekuasaan KGPAA Mangkunegara I namun pihak kolonial Belanda masih saja mempergunakan Desa Baturetno untuk daerah transit dan daerah transportasi juga daerah sasaran pihak kolonial Belanda, mengingat Desa Baturetno banyak penduduk pendatang terutama warga asing keturunan Tiongha ( Cina ) yang mayoritas mempunyai usaha dagang , maka tidak heran bahwa Baturetno merupakan sebuah daerah yang sudah padat penduduk dan sudah banyak aktivitas disektor ekonomi dan pertanian jauh sebelum negeri ini merdeka pada tahun 1945.
Seiring dengan perkembangan zaman terlebih dengan masuknya kereta api pada tahun 1922 di Baturetno semakin menambah kesibukan aktifitas dalam sektor ekonomi, pertanian, dan transportasi .
Pemerintah Baturetno pada saat itu sebelum tahun 1945 dipimpin oleh seorang Ronggo dengan sebutan Ronggo Taru Suwiryo, yang terbagi menjadi enam padusunan yaitu : Patuk, Baturetno Kidul, Baturetno Lor, Duwet Kidul, Duwet Lor dan Janglot.
Dan setelah Indonesia merdeka Desa Baturetno dipimpin seorang Kepala Desa yang bernama Marto Wiyono, dengan delapan padusunan yaitu: Patuk Lor, Patuk Kidul, Batu Kidul, Batu Tengah, Batu Lor, Duwet Kidul, Duwet Lor, dan Janglot.
Jika diperhatikan dengan seksama, dari nama – nama Dusun tersebut tersirat sebuah arti yang konon merupakan sejarah asal mula dusun dan seiring perkembangan zaman dan populasi penduduk yang bertambah, Desa Baturetno yang dahulu kala merupakan kota kecil yang sudah penuh dengan segala aktifitas bidang ekonomi maka tak pelak lagi bahwa sebagian besar penduduk Desa Baturetno pada waktu sekarang dengan mata pencaharian karyawan, dagang, buruh, petani, buruh tani, dan transportasi, hal ini membuktikan bahwa Desa Baturetno adalah suatu Desa yang secara historis berbeda dengan desa – desa diwilayah Kecamatan Baturetno bahkan lingkungan Kabupaten Wonogiri.
Pusat Pemerintahan Desa Baturetno sudah mengalami pindah lima tempat, kali pertama di Dusun Baturetno Kidul, Dusun Patuk Lor, Dusun Batu Lor, Dusun Janglot karena belum mempunyai kantor Desa dan terakhir di Dusun Batu Tengah sampai sekarang.
Sejarah kepemimpinan Desa Baturetno ( Nama Kepala Desa ) adalah: 1. Tahun 1945 Taru Suwiryo ( Ronggo ), 2. Tahun 1945 – 1967 Marto Wiyono, 3. Tahun 1967 – 1978 Slamet ( Carik sbg Pj. Kepala Desa ), 4. Tahun 1978 – 1982 Darmanto (ABRI sbg Pj. Kepala Desa ), 5. Tahun 1982 – 1990 Soelarno, 6. Tahun 1990 – 1991 Slamet ( Carik ,sbg Pj. Kepala Desa ), 7. Tahun 1991 – 1999 Soelarno, 8. Tahun 1999 – 1999 Winardi (Sekdes , sbg Pj. Kepala desa), 9. Tahun 1999 – 2007 Badjuri, 10. Tahun 2007 Wagino (PNS, sbg Pj. Kepala Desa ), 11. Tahun 2007 – 2013 Badjuri, 12. Tahun 2013 – 2019 Sutardjo, 13. Tahun 2019 Lilik Hendratno SE (Pj. Kepala Desa).