Ternyata sebelum pengasingan tersebut presiden Soekarno telah melakukan rencana persiapan pembentukan pemerintahan sipil di Sumatera, tugas tersebut dilakukan oleh Dewan Siasat.
Presiden Soekarno dan wakilnya Moh. Hatta telah membuat dan mengirim surat kuasa yang ditujukan kepada Menteri Kemakmuran yakni Mr. Syarifuddin Prawiranegara yang sedang berada di Sumatera, tepatnya Bukit Tinggi.
Surat tersebut bersisi mengenai pembentukan kabinet dan pembentukan pemerintah sementara menggantikan pemerintah pusat. Syarifuddin akhirnya berhasil menjalankan tugasnya, ia berhasil membentuk pemerintahan sementara RI di Bukittinggi.
Kembali lagi ke medan pertempuran, Jenderal Sudirman yang memilih untuk memimpin gerilya di luar Yogyakarta kemudian berhasil menempuh perjalanan lebih dari 1000 km.
Ia memimpin perang gerilya selama 8 bulan di daerah Jawa Tengah sampai Jawa Timur dalam keadaan sedang sakita, ia pun kadang-kadang ditandu apabila sudah tidak kuat berjalan.
Kemudian pada tanggal 10 Juli 1949 Jenderal Sudirman kembali ke Kota Yogyakarta.