Pada uraian terdahulu sudah disinggung bahwa beberapa raja Mataram setelah Sultan Agung merupakan raja yang lemah bahkan bersahabat dengan kaum penjajah.
Begitu juga pada saat pemerintahan Pakubuwana II terjadi persahabatan dengan VOC. Bahkan VOC semakin berani untuk menekan dan melakukan intervensi terhadap jalannya pemerintahan Pakubuwana II. Wilayah pengaruh Kerajaan Mataram juga semakin berkurang.
Persahabatan antara Pakubuwana II dengan VOC ini telah menimbulkan kekecewaan para bangsawan kerajaan, apalagi VOC melakukan intervensi dalam urusan pemerintahan kerajaan. Hal ini mendorong munculnya berbagai perlawanan misalnya perlawanan Raden Mas Said.
Raden Mas Said adalah putera dari Raden Mas Riya yang bergelarAdipati Arya Mangkunegara dengan Raden Ayu Wulan putri dari Adipati Blitar. Padausia 14 tahun Raden Mas Said sudah diangkat sebagai gandek kraton (pegawai rendahan di istana) dan diberi gelar R.M.Ng. Suryokusumo. Karena merasa sudah berpengalaman, Raden Mas Said kemudian mengajukan permohonan untuk mendapatkan kenaikan pangkat.
Akibat permohonan ini Mas Said justru mendapat cercaan dan hinaan dari keluarga kepatihan, bahkan dikait-kaitkan dengan tuduhan ikut membantu pemberontakan orang-orang Cina yang sedang berlangsung. Mas Said merasa sakit hati dengan sikap keluarga kepatihan. Muncullah niat untuk melakukan perlawanan terhadap VOC yang telah membuat kerajaan kacau karena banyak kaum bangwasan yang bersekutu dengan VOC.
Ia diikuti R. Sutawijaya dan Suradiwangsa (yang kemudian dikenal dengan Kiai Kudanawarsa) pergi keluar kota untuk menyusun kekuatan. Kemudian Mas Said pergi menuju Nglaroh untuk memulai perlawanan. Oleh para pengikutnya Mas Said diangkat sebagai raja baru dengan gelar Pangeran Adipati Anom Hamengku Negara Senopati Sudibyaning Prang.
Hingga kini sebutan Mas Said yang sangat dikenal masyarakat yakni Pangeran Sambernyawa. Perlawanan Mas Said ternyata cukup kuat karena mendapat dukungan dari masyarakat dan ini merupakan ancaman yang serius bagi eksistensi Pakubuwana II sebagai raja di Mataram.
Oleh karena itu, pada tahun 1745 Pakubuwana II mengumumkan barang siapa yang dapat memadamkan perlawanan Mas Said akan diberi hadiah sebidang tanah di Sukowati (di wilayah Sragen sekarang). Mas Said tidak menghiraukan apa yang dilakukan Pakubuwana II di istana, ia terus melancarkan perlawanan kepada kerajaan maupun VOC.
Mendengar adanya sayembara itu, Pangeran Mangkubumi ingin mencoba sekaligus menakar seberapa jauh komitmen dan kejujuran Pakubuwana II. Pangeran Mangkubumi adalah adik dari Pakubuwana II. Pangeran Mangkubumi dan para pengikutnya berhasil memadamkan perlawanan Mas Said. Ternyata Pakubuwana II ingkar janji.
Pakubuwana II kehilangan nilai dan komitmennya sebagai raja yang berpegang pada tradisi, sabda pandhita ratu datankena wola-wali (perkataan raja tidak boleh ingkar). Karena bujukan Patih Pringgalaya, Pakubuwana II tidak memberikan tanah Sukowati kepada Pangeran Mangkubumi.
Terjadilah pertentangan antara Raja Pakubuwana II yang didukung Patih Pringgalaya di satu pihak dengan Pangeran Mangkubumi di pihak lain. Dalam suasana konflik ini tiba-tiba dalam pertemuan terbuka di istana itu Gubernur Jenderal Van Imhoff mengeluarkan kata-kata yang menghina dan menuduh Pangeran Mangkubumi terlalu ambisi mencari kekuasaan.
Hal inilah yang sangat mengecewakan Pangeran Mangkubumi, pejabat VOC secara langsung telah mencampuri urusan pemerintahan kerajaan. Pangeran Mangkubumi segera meninggalkan istana. Tidak ada pilihan lain kecuali angkat senjata untuk melawan VOC yang telah semena-mena ikut campur tangan pemerintahan kerajaan.
Hal ini sekaligus untuk memperingatkan saudara tuanya Pakubuwana II agar tidak mau didikte oleh VOC. Pangeran Mangkubumi dan pengikutnya pertama kali pergi ke Sukowati untuk menemui Mas Said. Kedua pihak bersepakat untuk bersatu melawan VOC. Untuk memperkokoh persekutuan ini, Raden Mas Said dijadikan menantu oleh Pangeran Mangkubumi.
Mangkubumi dan Mas Said sepakat untuk membagi wilayah perjuangan. Raden Mas Said bergerak di bagian timur, Daerah Surakarta ke selatan terus ke Madiun, Ponorogo dengan pusatnya Sukowati.
Sedangkan Mangkubumi konsentrasi dibagian barat Surakarta terus ke barat dengan pusat di Hutan Beringin dan Desa Pacetokan, dekat Pleret (termasuk daerah Yogyakarta sekarang). Diberitakan pada saat itu Pangeran Mangkubumi membawahi sejumlah 13.000 prajurit, termasuk 2.500 prajurit kavaleri.
Karena perjanjian itu berisi pasal-pasal antara lain:
- Susuhunan Pakubuwana II menyerahkan Kerajaan Mataram baik secara de facto maupun de jure kepada VOC.
- Hanya keturunan Pakubuwana II yang berhak naik tahta, dan akan dinobatkan oleh VOC menjadi raja Mataram dengan tanah Mataram sebagai pinjaman dari VOC.
- Putera mahkota akan segera dinobatkan. Sembilan hari setelah penandatanganan perjanjian itu Pakubuwana II wafat. Tanggal 15 Desember 1749 Baronvan Hohendorff mengumumkan pengangkatan putera mahkota sebagai Susuhunan Pakubuwana III.
Perjanjian tersebut merupakan sebuah tragedi karena Kerajaan Mataram yang pernah berjaya di masa Sultan Agung harus menyerahkan kedaulatan atas seluruh wilayah kerajaan kepada pihak asing. Hal ini semakin membuat kekecewaan Pangeran Mangkubumi dan Mas Said, sehingga keduanya harus meningkatkan perlawanannya terhadap kezaliman VOC.
Perlawanan Pangeran Mangkubumi berakhir setelah tercapai Perjanjian Giyanti pada tanggal 13 Februari 1755. Isi pokok perjanjian itu adalah bahwa Mataram dibagi dua. Wilayah bagian barat (daerah Yogyakarta) diberikan kepada Pangeran Mangkubumi dan berkuasa sebagai sultan dengan sebutan Sri Sultan Hamengkubuwana I, sedang bagian timur (daerah Surakarta) tetap diperintah oleh Pakubuwana III.
Sementara perlawanan Mas Said berakhir setelah tercapai Perjanjian Salatiga pada tanggal 17 Maret 1757 yang isinya Mas Said diangkat sebagai penguasa di sebagian wilayah Surakarta dengan gelar Pangeran Adipati Arya Mangkunegara I.