Desa Waru adalah desa kolonisasi yang datang dari beberapa daerah di Jawa Tengah dan Jawa Timur, dan terdiri dari beberapa daerah. Desa Waru pada mulanya adalah berasal dari hutan kawasan Negeri Kasunanan Surakarta, pada tahun 1937 datanglah penduduk kolonisasi sejumlah 45 KK dan sebanyak 135 jiwa, kemudian pada tahun 1939 datang lagi sejumlah 100 KK sama dengan 325 jiwa, diantara 2 tahun berturut-turut jumlah penduduk semua 145 KK sama dengan 460 jiwa, membuka dan menggarap tanah yang telah disediakan oleh pemerintah seluas 322 Ha.
Pada tahun 1937 Desa Waru yang semula terdiri dari 2 kademangan yaitu Kademangan Nglondo dan Kademangan Karanglo sampai pada tahun 1945. Kemudian pada tahun 1945 dua kademangan tersebut dilebur menjadi satu dengan nama Desa Waru, yang dipimpin oleh Kepala Desa dijabat oleh Bapak Hadi Wardoyo yang berlangsung sampai dengan tahun 1970.
Pada tahun 1970 jabatan Kepala Desa digantikan oleh Bapak Hasyim.
