Dalam masa penjajahan Belanda pada Tahun 1896–1909 Desa Karangpetir di pimpin oleh Lurah Penatus (Kepala Desa yang mengkoordinasi 4 desa) yang bernama Mas Mar, kemudian dilanjutkan oleh Lurah Kementir (Kepala Desa yang diserahi menangani lumbung paceklik) yang bernama Karya Leksana yang memimpin pemerintah Desa Karangpetir dari Tahun 1909–1921. Kemudian Lurah (Kepala Desa) Karya Miharja menggantikan kepemimpinan/kepala desa sebelumnya yang memerintah dari Tahun 1921–1930.
Sebelum masa kemerdekaan Negara Kesatuan Republik Indonesia, Kepala Desa Karangpetir dijabat oleh Lurah (Kepala Desa) bernama Warsan Wirya Dimeja yang memerintah dari Tahun 1930 hingga Tahun 1945 menjelang diproklamasikan NKRI. Kantor pemerintah desa sebagai pusat pelayanan pemerintahan desa pada saat sebelum kemerdekaan masih dipusatkan dirumah kediaman para kepala desa/lurah yang terkenal dengan sebutan kelurahan. Hasil pembangunan pada saat itu yang terlihat menonjol adalah perluasan lahan pertanian, pembuatan jalan desa, kegiatan adat istiadat dan budaya gotong-royong.
Selanjutnya pada masa kemerdekaan terpilih yang kemudian diangkatlah Lurah Penatus (Kepala Desa yang pada pemerintahan selanjutnya diserahi mengkordinasi 4 desa) bernama H.M. Djazuli yang memulai memerintah pada tahun 1945 hingga tahun 1979. Pemerintahan yang cukup lama pada saat itu sudah mulai banyak mengalami kemajuan diantaranya pembuatan jalan perintis, pelebaran jalan-jalan desa, mendirikan kantor/balai desa yang hingga sekarang masih ditempati, pembagian wilayah Dusun dan Rukun Kampung, rehabilitasi 16 buah jembatan, pembangunan lokal SD 1 dan SD 2, MI Islamiyah, MI Fathkhul ulum dan MI Al Islam, 2 BA Aisyiyah, pembuatan Pasar Koplak dan Pasar Gandeng (2 buah pasar) dan perbaikan saluran air/irigasi untuk kepentingan pertanian dan perikanan.
Pemilihan kepala desa berikutnya yang dilaksanakan secara demokratis yang berazaskan Luber (Langsung, umum, bebas dan rahasia) untuk periode Tahun 1980-1988 yang terpilih adalah Dasto Wardoyo. Beliau melanjutkan dan meneruskan kepemimpinan sebelumnya sehingga makin banyak pembangunan yang telah dilaksanakan pada saat itu diantaranya adalah perapihan dan penggalian sungai (pembuangan avur) secara gotong-royong dengan tenaga manusia, masuknya jaringan penerangan listrik PLN, pendanaan dana swadaya dengan sistim kulen, pembuatan jembatan cor Brug Kali Mas dan Brug Seng, melanjutkan pembangunan/rehab SD/MI, melanjutkan pembngunan jalan-jalan desa meneruskan pembangunan Kantor/Balai Desa secara permanen, pembuatan bendungan Sapanyana dengan bekerja-sama dengan Desa Watuagung dan Desa Kamulyan, pembuatan los dan kios pasar koplak dan pasar gandeng dan pembuatan lapangan olahraga.
Periode pemilihan kepala desa berikutnya yang masih menggunakan sistim lama (demokrasi ber-azaz luber) dalam sistim pemilihan untuk masa jabatan Tahun 1989-1998 yang terpilih adalah Suparno, beliau memimpin selama kurun waktu 9 Tahun karena ada periode perpanjangan masa jabatan pada saat itu dan terjadinya krisis moneter Tahun 1997 yang dilanjutkan masa reformasi. Pembangunan yang dilaksanakan pada saat itu diantaranya meneruskan penggalian sungai (saluran pembuangan avur) dengan alat berat (mesin Bego), penerapan swadaya murni bagi seluruh pemilik tanah dan mesin traktor untuk mendanai pembangunan lingkungan, pelaksanaan pelebaran saluran irigasi Gambarsari secara permanen oleh Pemerintah dengan membebaskan tanah milik sepanjang saluran irigasi, pembuatan saluran tersier dan kwarter, pembangunan TK Pertiwi, melanjutkan rehab Gedung SD/MI dan melaksanakan penggabungan SD Negeri 2 menjadi hanya SD Negeri 1 (dikarenakan lokasi SD berdekatan dengan SD/MI), pembangunan pengerasan jalan desa dan jembatan dengan dana bantuan Pembangunan Desa (Bangdes).
Pemilihan kepala desa yang dilaksanakan untuk masa jabatan periode 1999–2007 (selama 8 Tahun) secara demokratis yang berazaskan Langsung, umum, bebas, rahasia, jujur dan adil yang terpilih pada saat itu adalah Aimin Al Nurhadi.
Kepala Desa yang pertama kali dalam menyelenggarakan kepemerintahannya bekerjasama dengan BPD (Badan Perwakilan Desa) yang pemilihannya juga dilakukan secara langsung, umum, bebas dan rahasia. Sedangkan anggota BPD yang berjumlah 13 orang dipilih berdasarkan kuota pemerintaahan Desa Karangpetir dengan pola maksimal. Anggota BPD periode 2000-2007 antara lain Saudara : Anif Sungaedi, S.Ag; H. Sumarno, S.Ag; Sunaryo, S.Pd; Muharor/Sukirman (pengganti antar waktu); Tobingin; Warisman; Widodo S.Pd; Suwarno; Muklas; Sodikun, Masruri, Ismail Marzuki dan Nasir.
Pada saat kepemimpinan beliau sudah banyak melaksanakan pembangunan desa yang dikerjakan antara lain : Pembuatan jalan aspal secara swadaya murni sepanjang kurang lebih 6 Km, pengerasan jalan lingkungan Grumbul Kaligalih sepanjang kurang lebih 2 km, pembuatan kios pasar Gandeng sebanyak 6 kios.
Kemudian telah banyak pula bantuan dari Pemerintah yang berbentuk paket maupun pembangunan yang disertai dengan imbal swadaya diantaranya Pembuatan Jembatan Cor Beton Kali Gumelar di Kaligalih Kulon dengan Talud di sisi kanan dan kiri sepanjang 500 m, Pembebasan tanah milik warga sepanjang bantaran/tanah tepi sungai/kali di sungai Tambak, kali Mas, kali Koar dan kali Gumelar oleh Proyek SJFCSP berikut penggaliannya dengan alat berat (excavatur/mesin Bego), Pembuatan Jembatan cor beton sepanjang kurang lebih 30 meter diatas Irigasi Gambarsari melintas di Kali Gumelar, Penyodetan (sodetan) saluran Kali Koar di bawah saluran Irigasi Gambarsari, Perbaikan Lapangan Olahraga, Bantuan Pipa air bersih sepanjang kurang lebih 5 km, bantuan rumah tidak layak huni (RTLH) dan batuan lain yang banyak melibatkan masyarakat desa dan tidak dapat disebutkan satu persatu.
Pada pemilihan kepala desa yang dilaksanakan pada hari Sabtu tanggal 16 Juni 2007 yang terpilih adalah Nisom yang menjabat untuk periode Tahun 2007-2013 (sesuai peraturan selama 6 Tahun). Dimasa kepemimpinannya bekerjasama dengan Anggota BPD yang beranggotakan 9 orang (masih menggunakan sistim pola maksimal) dipilih melalui musyawarah Desa/Dusun antara lain Saudara : H. Sumarno, S.Ag; Sunaryo, S.Pd; Muklas; Nasir; Misman, S.Pd; Muhaemin, S.Pd; Tasdiq, S.PdI; Jamaludin dan Turisno. Pembangunan yang telah dilaksanakan diantaranya Jalan Aspal Lingkungan secara swadaya dengan bantuan aspal 95 drum dari Bupati dan bantuan ADD.
Jalan aspal tersebut melintas di lingkungan RT 04/I, RT 08/I, RT 01/I, rt 02/I, RT 05/I, RT 01/II, RT 06/II dan RT 07/II sepanjang kurang lebih 3,5 km, bantuan-bantuan yang berbentuk imbal swadayapun terus mengalir seperti Pengefluran/cor jalan lingkungan RT 07/II, RT 03/I, RT 02/I pengerasan jalan RT 03/IV, bantuan rehab rumah tidak layak huni, bantuan pembuatan rumah panggung, Gedung TK Pertiwi 1 unit, bantuan modal kepada GAPOKTAN, bantuan alat musik Karangtaruna, Rehab los pasar koplak, Rehab lantai Balai Desa, bantuan dari BLPS berupa modal kepada kelompok pemeliharaan Sapi, Kambing, Itik, Pedagang Bakso/Mie Ayam dan Pedagang Makanan Kecil serta bantuan Dana Fisik dan Non Fisik dari PNPM-MD.
Selanjutnya pada Tahun 2010/2011 melaksanakan pembangunan pengaspalan jalan sepanjang 2 km melintas di lingkungan RT 02/I, RT 01/II, 02/II dan 03/II, melaksanakan rehab/perbaikan Kantor Desa, pembuatan Ruang BKD, BPD, PKK dan Perpustakaan Desa, beliau merintis untuk rencana pembangunan berikutnya harus selektif lewat skala prioritas RPJMDes.
Pada masa kepemerintahan beliau program RPJMDes diterapkan sesuai dengan Surat Bupati Banyumas Nomor 414.2/6844 tanggal 18 Oktober 2010 perihal Implementasi dan Pengendalian PNPM Mandiri Pedesaan. Menerima program PPIP berupa pembangunan insfastruktur berupa prenetasi jalan beraspal sepanjang 2,5 Km pada tahun 2012 berlokasi di jalan yang dimulai dari selatan Puskesmas RT 01/01 sampai dengan jalan MI Al Islam RT 03/03, prenetasi jalan aspal dari jalan pertigaan RT 01/03 barat Lapangan Desa sampai dengan Jembatan RT 03/03 sepanjang kurang lebih 650 meter, menerima paket bantuan sanitasi tepi jalan dari Dinas Cipta Karya sepanjang kurang lebih 500 meter berlokasi di RT 03/03, menerima pembangunan paket pengaspalan jalan sepanjang 700 meter dari Dinas Cipta Karya Kabupaten pada tahun 2013 yang berlokasi di RT 06 RW 03.
Pada pelaksanaan Pemilihan Kepala Desa yang telah dilaksanakan pada hari Minggu tanggal 2 Juni 2013 untuk kedua-kalinya Sdr NISOM pada periode Tahun 2013-2019 terpilih kembali menjadi Kepala Desa. Dimasa kepemimpinannya pada awal tahun 2014 berdasarkan SK. Bupati Banyumas Nomor 365/2014 tanggal 24 Februari 2014 diresmikannya Anggota BPD Periode 2014-2020 dengan anggota 9 orang dipilih melalui musyawarah Dusun/Desa antara lain terpilih Sdr. : Abidin; Basori, SPd; H. Misman, S.Pd; Al Makmur, Sag; Nurcholis Anasucha, SPdI; Tri Wahyu Budaya; Parimin; Sumardi dan M. Sumedi Sujiman. Program yang akan dilaksanakan diantaranya adalah :